Thymine glycol and 8-oxoguanine lesioned DNA-structural and energetical changes as onset of enzymatic recognition and repair; Large scale MD simulations of biomolecules

Pinak, M.; 根本 利之*

Proceedings of International Conference on Supercomputing in Nuclear Applications (SNA 2003) (CD-ROM), 15 Pages, 2003/00

われわれは、DNA分子上に生じる酸化損傷部位の修復酵素による特異的認識の機構を解明することを目的に、分子動力学(MD)的研究を進めている。酵素による損傷部位の認識、及びDNAと酵素タンパク質の安定な複合体の形成はそれに続く損傷部位修復プロセスを開始するために必須の条件である。これらの研究を遂行するために、チミングリコールと8-オキソグアニンという2種類のDNA損傷に注目し、MDシミュレーションプログラム,AMBER5.0及びAMBER7.0を用い、数百ピコセカンドのオーダーでシミュレーションを行った。なお、上述のような大規模な系を扱えるように、AMBERのプログラムを一部変更しベクトル化した。また、シミュレーションは、FUJITSU VPP5000/64(ベクトル並列処理型HITACHI SR8000及びFUJITSU PRIMEPOWER:並列処理型)の各スーパーコンピュー上で行った。

多目的実験炉の炉心出力分布特性; セミピン型,マルチホール型燃料格子の出力分布局所歪の検討

土井 猛*

JAERI-M 7745, 56 Pages, 1978/07

JAERI-M-7745.pdf:1.68MB

多目的高温ガス実験炉のバックアップ燃料として検討されているセミピン型及びマルチホール型燃料体を用いた燃料格子、具体的には1対の制御棒が挿入及び引き抜かれた場合の単位流量調節領域内の出力分布を、ポイントモデルの格子燃焼計算コードDELIGHT-IV及び二次元輸送計算コードTWOTRAN-IIを用いて解析した。その結果、(i)制御棒断面を正方形でモデル化する場合、実効増倍率評価上は等表面積モデル化、出力分布評価上では等体積モデル化が望ましい (ii)燃料体に対する均質モデルは非均質モデルに比較して制御棒反応度価値を過小評価し、かつ出力ピーキングを過大評価するので設計上安全側の評価になる (iii)拡散近似による制御棒反応度価値は制御棒を含む燃料休に対する適切な群定数の平均化を行なえば、ほぼ十分な解析精度を得ることが可能である、等の結果が得られた。